REYKJAVÍK, Islande, 24 juillet 2024 /PRNewswire/ — Une nouvelle étude menée par des scientifiques de deCODE Genetics, filiale d’Amgen, montre que les variantes de séquence déterminent la corrélation entre la méthylation de l’ADN et l’expression génique. Les mêmes variantes sont liées à diverses maladies ainsi qu’à d’autres caractéristiques humaines.
Publiée ce jour dans la revue scientifique Nature Genetics, l’étude s’intitule : The correlation between CpG methylation and gene expression is driven by sequence variants.
deCODE genetics: Variants in the genome affect DNA methylation
Kari Stefansson and Olafur Andri Stefansson authors on the paper in Nature Genetics.
Le séquençage nanopore est une nouvelle technologie développée par Oxford Nanopore Technology (ONT), qui permet d’analyser des séquences d’ADN en temps réel. Avec cette technologie, les molécules d’ADN sont aspirées à travers de minuscules pores de protéines et les mesures en temps réel du courant électrique indiquent quels nucléotides de l’ADN ont traversé les pores. Cela permet de lire la séquence des nucléotides dans l’ADN, tout en rendant possible la détection des modifications chimiques des nucléotides à partir de ces mêmes mesures.
L’une de ces modifications, appelée méthylation de l’ADN, est considérée comme importante pour déterminer quels gènes sont utilisés à un moment donné, ce que les scientifiques appellent communément la régulation de l’expression génique. La technologie de séquençage nanopore permet de mesurer directement la méthylation de l’ADN, tout en produisant des lectures plus longues des séquences ADN, impossibles à réaliser avec les technologies précédentes. Ces progrès offrent de nouvelles possibilités en permettant la mesure de la méthylation de l’ADN de tous les sites CpG du génome humain et, comme cette technologie peut lire de longues séquences ADN, il est possible de déterminer la méthylation de l’ADN sur les chromosomes des deux parents, séparément.
Dans cette étude, les scientifiques ont pu attribuer la méthylation des CpG, l’expression des gènes et les allèles des variantes de séquence aux chromosomes parentaux, ce qui leur a permis d’étudier les corrélations entre les trois ensembles de mesures au niveau de l’haplotype. L’étude montre que les variantes de séquence affectent la méthylation de l’ADN et que certains de ces variantes peuvent être liées à diverses maladies ainsi qu’à d’autres caractéristiques humaines. Fait important, l’étude montre que la corrélation entre la méthylation de l’ADN et l’expression des gènes peut être attribuée à des variantes de séquence, ce qui indique que ces variantes sont le facteur déterminant.
La majorité des variantes de séquence qui ont été associées à des maladies se trouvent dans le génome non codant, dans des régions du génome qui n’encodent pas pour les protéines. Pour cette raison, il a été difficile de comprendre comment les variantes de séquences non codantes conduisent à des maladies. En étudiant les effets sur la méthylation de l’ADN, les scientifiques ont pu montrer que nombre de ces variantes correspondent à des variantes de séquence qui avaient été précédemment associées à des maladies, ce qui nous permet de mieux comprendre comment elles conduisent à la progression des maladies.
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